Za udzielenie koncesji lub jej zmianę oraz za udzielenie promesy pobierana jest jednorazowa opłata skarbowa, której wysokość określają przepisy o opłacie skarbowej204 Opłata ta pobierana jest przede wszystkim za dokonane czynności urzędowe połączone (najczęściej) z wydaniem określonego dokumentu urzędowego.
Oprócz powyższej opłaty przedsiębiorstwa ciepłownicze, którym została udzielona koncesja, za korzystanie z koncesji wnoszą coroczne opłaty koncesyjne do budżetu państwa, obciążające koszty ich działalności.205 W przypadku prowadzenia więcej niż jednej działalności podlegającej koncesjonowaniu, opłatę stanowi suma opłat poszczególnych działalności. Wysokość opłat oblicza przedsiębiorstwo na podstawie rozporządzenia Rady Ministrów 206. Zgodnie z tymi zasadami, koncesjonariusz zobowiązany jest wnosić opłatę w wysokości stanowiącej iloczyn przychodów uzyskanych z działalności objętej koncesją oraz współczynnika opłat (0,0006 dla energii elektrycznej, ciepła i paliw gazowych oraz 0,0004 dla pozostałych paliw).
Rada Ministrów ustala wysokość opłat koncesyjnych „z uwzględnieniem wysokości przychodów przedsiębiorstw energetycznych osiąganych z działalności objętej koncesją, a także kosztów regulacji”. Taka definicja (wprowadzona od 1 stycznia 2002 r.) ustalania wysokości opłaty koncesyjnej zawiera w sobie nieostre stwierdzenia, które pozwalają na decydowanie przez Radę Ministrów o wielkości udziału kosztów regulacji w opłacie. Ponieważ nie została zdefiniowane wzajemne relacje kosztów, w zasadzie uzależnia się opłatę od przychodu przedsiębiorstwa. To powoduje, iż opłata koncesyjna niewiele różni się od podatku.
Przedsiębiorstwo wnosi opłatę koncesyjną bez wezwania w terminie do 31 marca każdego roku. Wysokość opłaty jest zależna od wielkości przychodów uzyskanych z działalności i objętej koncesją, ale niezależnie od wyników działania powinna mieścić się w granicach minimum 200 zł, maksimum 1.000.000 zł. Niewniesiona w terminie lub wniesiona w niewłaściwej wysokości opłata roczna jest zaległością podatkową, od której naliczane są odsetki.207 Prezes URE będąc zobowiązany do kontroli rozliczeń przedsiębiorstw z tego tytułu opracował ujednolicone formularze, w których koncesjonariusze przekazują dane stanowiące podstawę do obliczenia opłat rocznych 208. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości Prezes URE wzywa do korekty płatności w ciągu 14 dni, a jeżeli dalej jest dalej błędnie obliczona, Prezes URE dokonuje prawidłowego obliczenia opłaty.
203 E. Niebisz, Pierwsze koncesje, Biuletyn URE 1998 nr 2, s. 34
204 Ustawa z 31 stycznia 1989 r. z późn. zm. (Dz.U. .Nr 4 poz.. 23)
205 art. 34 ust.1 Prawo energetyczne
206 rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 5 maja 1998 r. w sprawie wysokości opłat i sposobu pobierania przez Prezesa URE corocznych opłat wnoszonych przez przedsiębiorstwa energetyczne, którym została udzielona koncesja (Dz. U. Nr 60 poz. 387 z późn. zm.)